Nach der ersten Lesung überweist das Plenum die Gesetzentwürfe, Anträge und andere Vorlagen zur Beratung an die zuständigen Ausschüsse. Hier findet die eigentliche Arbeit im Detail statt. Dabei übernimmt ein Ausschuss die Federführung, das heißt, er übernimmt die parlamentarische Leitung der Beratung und formuliert die Beschlussempfehlung für das Plenum. Andere Ausschüsse können mitberatend tätig sein, wenn ihre Aufgabenbereiche berührt werden.
Der Föderalismus stellt eine politische Ordnung dar, bei der die staatlichen Aufgaben zwischen Gesamtstaat (Bund) und Einzelstaaten (Länder) aufgeteilt werden. Dabei sind beide politischen Ebenen für bestimmte, verfassungsgemäß festgelegte Aufgaben selbst zuständig. Jedes Mitglied des Bundes verfügt über eigene Legitimität, Rechte und Kompetenzen. So hat jedes Land eine eigene Landesverfassung sowie eigenständige politische Institutionen für die Exekutive, die Judikative und die Legislative. Der föderale Aufbau des politischen Systems in Deutschland ist in Artikel 20 des Grundgesetzes festgelegt.
In den Jahren 2003 und 2007 haben der Bundestag und der Bundesrat Föderalismuskommissionen eingesetzt, in denen jeweils 16 Mitglieder der beiden Organe stimmberechtigt waren. Die Föderalismuskommission I erarbeitete Vorschläge, wie die Kompetenzen zwischen Bund und Ländern umverteilt werden können, um politische Entscheidungen schneller und wirksamer zu ermöglichen und die politische Verantwortung auf beiden Regierungsebenen (Bundes- und Landesebene) klarer zu strukturieren. Ihre Vorarbeiten dienten als Grundlage für die Föderalismusreform der Großen Koalition, die im September 2006 in Kraft trat.
Die Föderalismuskommission II erarbeitete seit 2007 Vorschläge zur Modernisierung der Bund-Länder-Finanzbeziehungen und hat ihre Arbeit mit der Verabschiedung eines Maßnahmenbündels zur Reform der Bund-Länder-Finanzbeziehungen erfolgreich abgeschlossen. Im Juli 2009 ist das Grundgesetz entsprechend geändert worden.
Die 2006 von Bundestag und Bundesrat mit der notwendigen Zweidrittelmehrheit beschlossene Föderalismusreform ist die umfangreichste Änderung des Grundgesetzes in der Geschichte der Bundesrepublik Deutschland. Mit Änderungen an insgesamt 20 Artikeln des Grundgesetzes regelt die Föderalismusreform die gesetzgeberischen Zuständigkeiten von Bund und Ländern neu. Einer der Kernpunkte der Reform ist es, die Zahl der Bundesgesetze zu reduzieren, die der Zustimmung des Bundesrats bedürfen (> Zustimmungsgesetz). Dem gegenüber werden Zuständigkeiten auf die Länder verlagert. Die Länder sind unter anderem für Strafvollzug und Ladenschluss zuständig. Atomenergie, Terrorabwehr und das Meldewesen sind Bundessache.
Mehr Rechte hat der Bund auch im Umweltbereich in der Abfallwirtschaft. In Wissenschaft und Forschung an Hochschulen können Bund und Länder bei Vorhaben überregionaler Bedeutung zusammenwirken. Mit der Föderalismusreform II im Jahr 2009 wurden die Finanzbeziehungen zwischen Bund und Ländern modernisiert. So soll eine Schuldenbremse dafür sorgen, dass Bund und Länder keine neuen Schulden machen. Die Neuregelung fand für Bund und Länder erstmals für das Haushaltsjahr 2011 Anwendung.
Nach Artikel 104 b des Grundgesetzes kann der Bund den Bundesländern Finanzhilfen für besonders bedeutsame Investitionen gewähren, um eine Störung des gesamtwirtschaftlichen Gleichgewichts abzuwehren, eine unterschiedliche Wirtschaftskraft im Bundesgebiet auszugleichen oder das wirtschaftliche Wachstum zu fördern.
In jeder Sitzungswoche findet im Plenum eine Fragestunde statt, für die jeder Abgeordnete vorab bis zu zwei Fragen an die Bundesregierung einreichen kann. Nach der regelmäßig durch einen Parlamentarischen Staatssekretär oder einen Bundesminister erfolgenden Beantwortung können der Fragesteller, aber auch andere Abgeordnete Zusatzfragen stellen und so die Regierung zu weiteren Stellungnahmen zwingen. Reicht die Zeit nicht aus, werden noch nicht aufgerufene Fragen von der Regierung schriftlich beantwortet. Ebenso kann vorab bereits um schriftliche Beantwortung gebeten werden.
Fraktionen sind als Zusammenschlüsse von Abgeordneten für die gesamte Parlamentsarbeit wesentlich und bereiten Entscheidungen des Bundestages vor. Sie verfügen über große Gestaltungsmöglichkeiten: Ein Gesetzentwurf kann beispielsweise nur von einer Fraktion oder einem Zusammenschluss von mindestens fünf Prozent der Abgeordneten eingebracht werden. Gleiches gilt für Anträge und Entschließungsanträge. Bestimmte Fragerechte wie Große und Kleine Anfragen, die Beantragung einer namentlichen Abstimmung oder einer Aktuellen Stunde sind ebenfalls nur den Fraktionen oder fünf Prozent der Abgeordneten vorbehalten. Das Zitierrecht, also über die Anwesenheit eines Mitglieds der Bundesregierung in einer Beratung des Bundestages abstimmen zu lassen, steht ebenfalls nur fraktionsstarken Zusammenschlüssen zu.
Die Fraktionen bestimmen außerdem, wer wie lange im Plenum im Rahmen der vom Ältestenrat vereinbarten und vom Plenum beschlossenen Debattenzeit reden darf. Eine Fraktion können mindestens fünf Prozent der Mitglieder des Bundestages bilden, die derselben Partei oder solchen Parteien angehören, die aufgrund gleichgerichteter politischer Ziele in keinem Bundesland miteinander im Wettbewerb stehen. Die Geschäftsordnung legt fest, dass die Bildung einer Fraktion, ihr Name sowie die Namen der Vorsitzenden dem Bundestagspräsidenten mitgeteilt werden müssen. Die Mitglieder der Fraktionen geben sich eine Geschäftsordnung, die die internen Arbeitsabläufe festlegt und den organisatorischen Aufbau regelt. Aus dem Haushalt des Bundestages erhalten die Fraktionen Zuschüsse für ihre Arbeit, wodurch sie vor allem Mitarbeiter beschäftigen können. Parlamentarier können jederzeit ihre Fraktionsmitgliedschaft kündigen oder von der Fraktion ausgeschlossen werden. Sie gehören dann weiterhin dem Bundestag als fraktionslos an, sofern sie sich nicht einer anderen Fraktion anschließen ( > Fraktionslosigkeit).
Üblicherweise wird versucht, in den Fraktionen eine einheitliche Linie für die Abstimmung und Meinungsäußerung im Parlament zu erarbeiten. Da die Abgeordneten aber frei und nur ihrem Gewissen verantwortlich sind, können sie nicht zu einer bestimmten Meinung oder Abstimmungsweise gezwungen werden. Einen rechtlichen Fraktionszwang gibt es nicht. Dennoch wird mit der Fraktionsdisziplin erwartet, dass sich die Mitglieder einer Fraktion der nach Diskussion beschlossenen Linie anschließen, auch wenn sie der Position kritisch gegenüberstehen. Zuvor können sie aber auch auf ihre Bedenken und eine mögliche Abweichung aufmerksam machen.
Einzelne Abgeordnete, die keiner Fraktion oder Gruppe angehören, sind fraktionslos. Ihre Rechte sind gegenüber denen der Fraktionen begrenzt. Sie können aber Geschäftsordnungsanträge stellen und Fragen zur schriftlichen oder mündlichen Beantwortung an die Bundesregierung richten. Einzelne Abgeordnete können außerdem in der zweiten Lesung eines Gesetzes Änderungsanträge stellen. In jeweils einem Ausschuss können fraktionslose Abgeordnete als beratende Mitglieder mit Rede und Antragsrecht tätig werden, sich aber nicht an Abstimmungen beteiligen, da ihnen dies ein überproportionales Gewicht geben würde. Auch das Rederecht im Plenum ist zeitlich begrenzt.
Die Fünfprozenthürde ist eine Sperrklausel für Wahlen zum Bundestag. Nach dem Bundeswahlgesetz muss eine Partei im gesamten Bundesgebiet fünf Prozent der Zweitstimmen erreichen, um an der Mandatsverteilung im Bundestag beteiligt zu werden. Hat eine Partei weniger Stimmen, zieht sie nicht in das Parlament ein. Ausgenommen von der Fünfprozentsperrklausel sind Parteien von nationalen Minderheiten und Parteien, die mindestens drei Direktmandate gewonnen haben. Diese sogenannte Grundmandatsklausel wurde durch die vom Bundestag 2023 beschlossene Wahlrechtsreform 2023 abgeschafft.
Das Bundesverfassungsgericht hat mit Urteil von 2024 jedoch angeordnet, dass die Sperrklausel vorläufig fortgilt mit der Maßgabe, dass bei der Sitzverteilung Parteien, die weniger als fünf Prozent der bundesweit abgegebenen gültigen Zweitstimmen erhalten haben, nur dann nicht berücksichtigt werden, wenn ihre Bewerber in weniger als drei Wahlkreisen die meisten Erststimmen auf sich vereinigt haben. Damit gilt faktisch die frühere Grundmandatsklausel fort, bis der Gesetzgeber eine andere Regelung getroffen hat.